Neben dem koagulaseproduzierenden S. aureus gibt es eine Reihe von Staphylokokkenspezies, die dieses Enzym nicht produzieren, deshalb Koagulase-negative Staphylokokken. Viele der zu dieser Gruppe gehörenden Bakterien besiedeln die Haut verschiedener Tiere. Wichtigster Vertreter beim Menschen ist S. epidermidis. Andere, beim Menschen normal vorkommende Staphylokokken sind S. hominis, S. haemolyticus und S. capitis. Krankheiten verursacht insbesondere S. epidermidis durch seine ausgeprägte Fähigkeit, Kunststoffmaterialien wie Katheter, künstliche Linsen, künstliche Herzklappen und andere Endoprothesen zu kolonisieren. Dabei bildet sich ein Biofilm auf der Oberfläche dieser Materialien, in denen die Bakterien nur schwer von Antibiotika und dem Immunsystem erreichbar sind.
Abgegrenzt werden muss S. saprophyticus, der Harnwegsinfektionen bei jungen Frauen verursacht. Im Alter zwischen ca. 15-30 Jahren ist er der zweithäufigste Erreger dieser Infektionen. Typischerweise haben die Patientinnen keine Vorschädigungen des Harntraktes. Häufig besteht ein zeitlicher Zusammenhang mit Geschlechtsverkehr.
Die Abgrenzung von koagulasenegativen Staphylokokken von S. aureus kann also mit der Koagulasereaktion erfolgen. Da diese aber eine längere Zeit benötigt, verwendet man in Routinediagnostik meist den Nachweis des Fibrinogenrezeptors, der ebenfalls typisch für S. aureus ist. Dabei wird Plasma mit Bakterien verrieben, kommt es zu einer Verklumpung, handelt es sich um S. aureus, bei Koagulase-negativen Staphylokokken bleibt die Verklumpung aus.